A endometriose se caracteriza pela presença do tecido endometrial, ou seja, da pele que reveste o útero por dentro, fora desse local, principalmente em peritônio, ovários e ligamentos uterossacros. Em 1997, alguns autores instituíram o conceito de que a endometriose deve ser dividida em três doenças distintas: peritoneal, ovariana e do septo retovaginal.  A endometriose peritoneal caracteriza-se por implantes superficiais do tecido endometrial no peritônio. A endometriose ovariana pode apresentar implantes superficiais ou formar cistos com conteúdo achocolatado espesso. A doença do septo retovaginal tem implantes entre o útero e o reto, e algumas vezes acomete também o intestino.

A etiologia da endometriose ovariana ainda é muito controversa, sendo a mais aceita atualmente a da metaplasia celômica, ou seja, da transformação do tecido ovariano superficial em tecido endometrial, o qual sofre uma interiorização e forma o cisto na intimidade do ovário.

A história clínica da endometriose ovariana não é muito específica, o que dificulta o diagnóstico e o seguimento dessas mulheres. O ultrassom transvaginal é o melhor método diagnóstico, pois tem grande capacidade de identificar as lesões e suas características e fazer o diagnóstico diferencial com outros cistos, dentre os quais as neoplasias malignas. A ressonância nuclear magnética também é um exame recomendado no diagnóstico da endometriose ovariana, sendo a escolha nos casos aonde o ultrassom transvaginal não pode ser realizado, caso das pacientes que não iniciaram sua vida sexual.

O tratamento indicado é o cirúrgico, pois o medicamentoso não tem uma boa evolução nesses casos. A videolaparoscopia é a cirurgia de escolha pela melhor visualização das lesões, ser menos invasivo e com tempo de internação menor. A resolução da endometriose pode ser pela retirada apenas do cisto (ooforoplastia) ou pela retirada do ovário todo (ooforectomia). A escolha depende se a paciente deseja nova gravidez e também do tamanho e acesso ao cisto. A indicação da cirurgia é feita baseada nos sintomas da paciente, como tratamento para engravidar ou para afastar a possibilidade de comprometimento maligno. A maior parte dos estudos sobre o tratamento dessa doença indica o tratamento para os cistos maiores que três centímetros de diâmetro médio, e que nos casos de infertilidade, a melhor evolução está com a menor manipulação ovariana. Nos casos de infertilidade, pode ser feita a aspiração do cisto guiada por ultrassom, a qual não compromete a reserva ovariana, porem tem uma taxa de recidiva muito alta, não sendo a primeira escolha de tratamento.